漆黑的魅影二周目在游戏主角成为联盟冠军后，通过跳过动画回到家中开始。以下是完整详细的攻略：
1. 游戏开始：
成为联盟冠军后，选择跳过动画，角色会回到家中。
2. 获取船票：
下楼后，与爸爸对话，爸爸会给予一张船票。
3. 接收任务：
接到米可利的电话，提示去寻找其他冠军的秘密基地。
4. 选择水都颜色：
看电视并选择水都的颜色，建议选择不喜欢的颜色以触发后续剧情。
5. 图鉴升级：
出门后，小田卷博士会带领前往研究所，更新全国图鉴。
6. 寻找米可利：
前往水静市，在魅影摩天楼门口找到米可利。
7. 挑战秘密基地：
挑战各大冠军的秘密基地，如小赤和小绿在流星瀑布附近的洞口内，希罗娜在茵郁市附近的秘密基地等。
8. 化石搜集与复活：
在冬雪镇，从化石迷的家里获得化石，并在得文企业二楼复活。
9. 灵兽捕获：
在二周目中，有机会捕获各种灵兽，如固拉多、盖欧卡等强大的神兽。通过完成特定任务或挑战，前往指定的地点进行捕获。
10. 挑战隐藏BOSS与NPC：
游戏中有许多隐藏的BOSS和NPC等待挑战，挑战成功后将获得更多奖励和经验。
由于图文攻略的详细性和直观性，建议玩家在实际游戏中结合图文攻略进行参考和操作。以上攻略步骤提供了二周目的主要流程和关键任务，希望能帮助玩家顺利开启并完成漆黑的魅影的二周目挑战。