水库钓鱼最好的饵料取决于目标鱼种、钓法以及水库的具体环境，但动物饵料（如红虫、蚯蚓）、素饵（如玉米）以及谷物饲料都是不错的选择。
对于动物饵料，如红虫、青虫、蚯蚓、肉块等荤饵，由于味道大，对多种鱼类都有很好的吸引力，因此在垂钓多种鱼时都能用到，效果很好。
素饵方面，玉米粒用曲酒浸泡后对吃素的鱼类有非常大的吸引力。还可以直接使用河边的草作为饵料，尤其对于草鱼等素食性鱼类效果显著。谷物饲料，如将小米、大米、麦麸、玉米粉等当作原料制作而成的饵料，对草鱼等也有不错的效果。
在选择饵料时，还需要考虑钓法。例如，传统钓法一般建议使用玉米，因为用玉米上钩的几乎都是大鱼，但缺点是钓一天可能都没有几口。而台钓则建议使用商品饵料，因为商品饵料能诱钓结合，但容易招小鱼。
水库的水质也是选择饵料的重要因素。在水质比较瘦的水库中钓鱼，一般应该使用味道比较淡的饵料，因为长期生活在这种环境的鱼会对味道大的饵料敬而远之。可以使用本味的商品饵料，还有玉米、小麦等，适当加工成酒香味的也可以，但味道不要太大。
还可以根据水库的具体情况来选择饵料。如果水库中有网箱，就用颗粒饲料做饵；如果水库既不喂养又无网箱，就用水库四周的农作物的果实为钓饵；特别不要忘了水库边的昆虫，是上佳的饵料。
水库钓鱼的饵料选择需要根据实际情况综合考虑，没有一种饵料是绝对的最好。